การบริหารงานของ คณะเศรษฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยขอนแก่น เป็นหน่วยงานขนาดเล็ก เป็นหน่วยงานที่มีความยืดหยุ่นคล่องตัวสูงในการบริหารจัดการองค์กร ที่ต้องทันต่อการเปลี่ยนแปลงด้านต่าง ๆ ในโลกปัจจุบัน แต่ยังคงสัมพันธ์เชื่อมโยงต่อวิสัยทัศน์ของมหาวิทยาลัย และพันธกิจหลักของคณะ โดยยึดหลักธรรมาภิบาลเป็นสำคัญ